2012年学科评估，按照学科门类特色对“人文社科类”、“理工农医类”、“管理学门类”、“艺术学门类”、“体育学”、“建筑类”、“计算机类”等分类设置指标体系。其中，指标体系结构和内容经多次研讨，在广泛征求各单位和各方面专家意见后确定，并在评估初期就提供给参评单位；指标“权重”由参与学科声誉调查的5000余名专家最终确定。以下是2012年学科评估指标体系框架。
| 一级 指标 | 二级指标 | 指标说明 |
| A 师资队伍与资源 | A1. 专家团队情况 | 院士、千人计划入选者、长江学者、国家杰出青年科学基金获得者、百千万人才工程国家级人选、国家级教学名师、马工程首席专家、国家四个一批人才、教育部新世纪人才，以及国家自然基金委创新群体、教育部创新团队；体育学科还包括规定范围内的优秀运动员、教练员、裁判员。 |
| A2. 生师比 | 博士、硕士授权学科分别考虑。生师比过高或过低均不为最佳状态，最佳区间的划分由各学科专家确定。 | |
| A3. 专职教师情况（设置上限） | 本学科专职教师和研究人员总数。此指标设 “上限”，超过上限值的均为满分，不按规模的增大递增得分。 | |
| A4. 重点学科、重点实验室情况 | ① 国家重点学科及省级重点学科情况；② 国家级及省部级重点实验室、基地、中心情况。 | |
| B 科学研究水平 | B1.代表性学术论文质量（含国内和国外，定性和定量） | ① 国内、国外收录的代表性学术论文的他引次数及ESI高被引论文情况； ② 提供规定篇数的高水平学术论文，由专家进行主观评价；（①和②不针 对体育及艺术类）③在 SSCI、 AHCI及 CSSCI、 CSCD源期刊上人均发表的学术论文数（仅对人文社科类、管理门类与艺术门类）；计算机 A类论文数（仅对计算机类）。 |
| B2. 科学研究获奖情况 | ① 国家自然科学奖、技术发明奖、科技进步奖；② 教育部高校科研成果奖（科学技术、人文社科）；③ 省级自然科学奖、技术发明奖、科技进步奖，省级哲学人文社科奖。 | |
| B3.出版学术专著或转化成果专利情况（部分学科考察出版学术专著情况，部分学科考察成果专利转化情况） | ① 学术专著仅统计“著”的情况，不含编著、译著等；② 专利仅统计已转化或应用的发明专利与国防专利，需提供相关证明。 | |
| B4.代表性科研项目情况（含人均情况） | ① 973计划、863计划、支撑计划等科技部项目，国家自然科学基金，国家社科基金，全国教育科学规划课题；② 教育部社科基金、国家清史纂修工程项目、全国高校古委会项目；③其他省部级项目（省人文社科、哲学社科基金，省自然科学基金等）；④30项其他重要科研项目（如横向项目）情况。 | |
| B5. 艺术创作水平（仅对艺术门类学科，不含艺术学理论） | 代表性艺术创作成果，由学科专家进行主观评价。 | |
| B6. 建筑设计水平（仅对建筑类学科） | 设计作品获得国际、国内重要奖项情况。 | |
| C 人才培养质量 | C1. 教学与教材质量 | ① 国家级和省级优秀教学成果奖；② 国家级规划教材与精品教材情况；③ 优秀案例情况（仅对工商管理学科）。 |
| C2.学位论文质量 | ① 全国优秀博士学位论文入选论文与提名论文数，及计算机学会优博论文数（仅对计算机学科）或 MPA优秀专业硕士学位论文数（仅对公共管理学科）；② 全国博士学位论文抽检情况。 | |
| C3. 学生国际交流情况 | ① 授予学位的境外留学生人情况；② 派出境外交流（时间需超过规定时限）的学生情况； | |
| C 4 .学生体育比赛获奖（仅对体育学科） | 在校学生在校期间，获世界比赛、全国比赛单项前三名或团体前六名的奖项数。 | |
| C5. 优秀在校生及毕业生情况 | 提供规定数量的优秀在校学生及毕业生，由学科专家及用人单位进行主观评价。 | |
| C6. 授予学位数（设置上限） | 授予博士、硕士学位人数。设置 “上限 ”，超过上限值均得满分，不按规模的增大递增得分。 | |
| D 学科声誉 | D1. 学科声誉（含学术声誉、社会贡献、学术道德等） | 由同行专家和行业人士根据学科的学术声誉、社会贡献、学术道德等印象，参考《学科简介》，做出 “学科声誉 ”主观评价。《学科简介》包括：学科基本情况与特色，客观指标未能统计的重要学术贡献、成果应用等社会贡献以及学术道德等方面的情况。 |